Quelques jours à peine après l'indépendance, les événements tragiques de Thysville vinrent compromettre l'atmosphère paisible qui régnait au Congo. Ces troubles eurent leur répercussion au Kivu. Quoique la situation y fût calme, pas mal d'Européens prirent la décision de s'en aller. La situation à Léopoldville et l'exode massif des Européens faisaient craindre le pire. Le collège se transforma en un hôtel de passage. Il y avait en permanence 200 personnes à loger et à nourrir. Ceux qui trouvaient une occasion de s'en aller en avion ou en voiture, étaient immédiatement remplacés par des réfugiés de l'intérieur du pays. Le col-lège ne désemplissait pas. Tandis que les Pères du collège accueillaient les réfugiés, réglaient les chambres ou beurraient des tartines, les mamans préparaient le tchop ou servaient à table. Les hôtes s'aperçurent que les Pères savaient faire autre chose que donner des cours de Latin ou organiser des fêtes. Durant un mois le collège fut le refuge des " voyageurs sans bagages ". Lorsque les réfugiés arrivaient à Usumbura, ils n'étaient pas moins surpris de trouver au Collège du Saint-Esprit Esprit le même accueil chaleureux et... le sourire réconfortant du P. Goux. Cette hospitalité fut pour beaucoup qui ne connaissaient pas les Jésuites une révélation et dissipa pas mal d'appréhensions. (1)
Après la bourrasque, on se dénombra. On décida de repartir à zéro. Des semaines durant, ce chiffre resta inchangé. Les Congolais se montraient hésitants, les Européens attendaient le déroulement des événements. Mais, quinze jours avant la rentrée, le parloir ne désemplit plus.